深圳保健品GMP净化车间设计价格因多种因素而异，包括车间的规模、生产工艺要求、设备配置、净化等级等。因此，无法给出一个具体的价格。

设计一个保健品GMP净化车间需要经过多个环节，包括项目需求分析、设计方案制定、设计图纸绘制、材料选型与预算编制等。同时，还要考虑车间的通风、照明、洁净度、安全等因素。因此，设计价格会受到多种因素的影响。

一般来说，设计一个保健品GMP净化车间的价格可能会在几十万到几百万之间，具体价格需要根据实际需求和设计方案来确定。建议您可以向多家专业的净化车间设计公司咨询，了解他们的设计方案和报价，综合比较后选择合适的合作伙伴。

此外，您还需要考虑车间的施工和安装费用，以及后期的维护和运营成本。因此，在制定预算时，需要综合考虑多个因素。