在上海，有很多专门从事医疗GMP无尘厂房设计的公司。要选择一家合适的公司，需要考虑公司的资质、经验、设计能力和服务水平。以下是一些可能适合您需求的上海医疗GMP无尘厂房设计公司：

1. 美的瑞斯工程设计公司：具有多年厂房设计与建造的经验，尤其擅长于医疗领域的无尘厂房设计。
2. 赛威工业洁净空间技术有限公司：专门为医药、医疗和生物科技等产业提供无尘室、GMP厂房的规划设计、建造和维护。
3. 上海利盟工程有限公司：专注于洁净室、无尘车间和GMP厂房的设计和施工，具有丰富的行业经验和专业团队。

以上公司都是上海地区在医疗GMP无尘厂房设计方面有良好口碑的公司，您可以根据您的具体需求和预算来选择合适的公司。在选择时，您可以参考公司的资质证书、成功案例、设计案例以及服务水平等方面的信息。

在选择公司时，请确保他们有丰富的经验和专业的团队，能够为您提供高质量的设计和施工服务。同时，也要注意比较不同公司的价格和服务，选择最符合您需求的公司。