在上海，有多家专注于生物GMP无尘厂房设计的公司。要选择合适的公司，需要考虑其设计经验、技术水平、服务质量、价格等多方面因素。以下是一些在上海地区具有较高知名度和专业性的生物GMP无尘厂房设计公司：

1. 上海某某工程设计有限公司：这家公司有着丰富的GMP无尘厂房设计经验，其团队对生物制药行业有深入的理解，可以提供从厂房设计到施工图绘制的全方位服务。
2. 某某建筑设计研究院：该研究院在医药、生物科技领域有着深厚的背景和丰富的经验，可以提供从规划、设计到施工监理的全方位服务。
3. 某某环境技术有限公司：这家公司专注于无尘室和洁净室的设计与施工，其无尘厂房设计服务在行业内享有较高声誉。

在选择设计公司时，建议您可以先了解公司的资质和经验，查看其以往的设计案例和客户评价，以便选择最合适的设计公司。此外，可以与多家公司进行沟通，了解其服务内容和价格，综合比较后做出决策。

以上推荐仅供参考，您可以根据您的具体需求进行进一步的市场调查和比较。需要注意的是，任何设计项目的成功都离不开与设计师的充分沟通和合作，因此选择一家能够充分理解您需求并能够提供高质量服务的公司是非常重要的。