选择深圳的医疗器械GMP车间装修公司时，应该根据您的具体需求、预算和期望来进行挑选。以下是选择这类公司的一些关键因素和建议：

1. 公司经验与资质：了解公司的成立时间、项目经验以及相关资质，比如是否有相关的工程设计与施工资质，这对于保证项目质量和后续服务至关重要。
2. 行业经验：专门从事医疗器械GMP车间装修的公司，对于行业的特殊要求和标准有更深入的了解和经验。确保公司有丰富的医疗器械行业经验。
3. 设计与规划能力：一个好的装修公司不仅会进行基础的装修施工，还应具备专业的设计能力，能够根据客户的需求和行业要求进行合理的设计和规划。
4. 材料与技术：询问公司使用的装修材料来源和类型，了解他们所采用的技术和工艺。优质的材料和先进的技术是确保车间质量和安全的关键。
5. 案例展示：要求公司提供以往的案例展示，特别是与医疗器械GMP车间相关的项目。通过案例可以了解公司的实际水平和风格。
6. 服务和售后：了解公司的服务流程和售后服务政策，一个好的公司应该能够提供全面的服务，包括项目咨询、设计、施工、验收以及后续的维护和服务。
7. 价格与预算：根据公司的报价和服务内容，结合自己的预算进行选择。注意不要只看重价格而忽略了质量和服务。

基于以上因素，以下是一些在深圳地区可能适合的医疗器械GMP车间装修公司推荐（排名不分先后）：

1. 某某空间设计装修公司
2. 某某建筑工程有限公司
3. 某某医疗科技工程公司

这些公司在深圳地区有较高的知名度和口碑，可以为您提供专业的医疗器械GMP车间装修服务。在选择时，建议多家比较，选择最适合您需求的合作伙伴。同时，建议在签订合同前详细了解合同条款和细节，确保双方的权益得到保障。